De HKN-organisatie, geleid door een algemeen directeur, biedt ondersteuning in acute en chronische zorg, bedrijfsvoering en samenwerkingsafspraken. De organisatie heeft een belangrijke rol in het faciliteren van regionale samenwerking tussen huisartsen en andere zorgverleners. De HKN-coöperatie, bestaand uit alle praktijkhoudend huisartsen uit de regio, is eigenaar van de HKN-organisatie. De coöperatie wordt geleid door een bestuur van vijf huisartsen.